El Beaterio de Cádiz fue fundado en el siglo XVII, concretamente en el año 1633, su fundadora María José Isabel, lo fundó bajo la orden 3ª de San Francisco.
Este beaterio fue un lugar donde un grupo de hermanas, en concreto 12, vivían en comunidad, bajo la obediencia de una que llaman Hermana Mayor. Para formar parte y vivir en la comunidad tenían que ser admitidas después de los dos votos que las caracteriza; la de la Observancia y el de los Descalzos.
Este beaterio disponía de: capilla, sacristía, coro y panteón bajo, según describe una publicación en el Diario Mercantil en la que un juez indica que se subasten las plantas superiores, pero años más tarde se vende todo el edificio por la desamortización de la iglesia
entre los años 1820-1823. La capilla se llamaba Jesús, María y José y Arcángel San Miguel y, según un escrito, esta capilla se agrandó en 1813.
Después de la marcha de las Beatas, en este edificio se montó una empresa que enseñaba a las mujeres en riesgo de exclusión el arte de la costura, pero años más tarde, se derriba todo el edificio menos el panteón bajo, que era el lugar de enterramiento de la antigua Orden de Beatas. A mediados del siglo XIX, se construye un nuevo edificio de viviendas en el cual se conservaron las catacumbas, reutilizándolas para un nuevo uso. Sabemos que el lugar se utilizó
hasta el año 1947, después de la explosión que sufrió Cádiz por la detonación de un conjunto de minas que se almacenaban en el Instituto Hidrográfico, esto originó un destrozo y la caída de la parte alta del edificio.
Todos los escombros se tiraron en el interior de estas catacumbas. En la Guerra Civil, un grupo de vecinos del edificio se escondieron en el pequeño hueco situado en el nivel más bajo del lugar.