El Beaterio de Cádiz fue fundado en el año 1633 por María José Isabel, bajo la orden 3ª de San Francisco.
Este beaterio fue un lugar donde un grupo de 12 hermanas vivían en comunidad, bajo la obediencia de una que llamaban Hermana Mayor. Para formar parte de la comunidad tenían que ser admitidas después de dos votos: la de la Observancia y el de los Descalzos.
El beaterio disponía de capilla, sacristía, coro y panteón bajo. La capilla se llamaba Jesús, María y José y Arcángel San Miguel, y según escritos históricos, esta capilla se agrandó en 1813.
Después de la marcha de las Beatas y la desamortización de la iglesia entre 1820-1823, el edificio tuvo diversos usos hasta que a mediados del siglo XIX se construyó un nuevo edificio de viviendas, conservando las catacumbas que hoy puedes visitar.